Partnerības augstākā lēmējinstitūcija ir kopsapulce. Kopsapulcē ir tiesīgi piedalīties visi Partnerības biedri. Katrs Partnerības juridiskais biedrs piedalās kopsapulcē, savos statūtos noteiktajā kārtībā pilnvarojot pārstāvi.
Organizācijas veiksmīgai funkcionēšanai ir izveidota pārstāvju lēmējinstitūcija – partnerības Padome, ko ievēl kopsapulce. Partnerības padome sastāv no divdesmit viena padomes locekļa (21), ievērojot partnerības un teritoriālo principu, kas paredz, ka no katra sektora: uzņēmējdarbības, pašvaldības un nevalstiskajām organizācijām (biedrībām) tiek ievēlēti 7 Padomes locekļi, vienādā skaitā pārstāvot katru no Aizkraukles rajona partnerības teritorijas novadiem. Padome no sava vidus ievēl Padomes Priekšsēdētāju.
Padome ieceļ Sabiedrības virzītas vietējās attīstības (SVVA) stratēģijas komisiju, kas sastāv no pieciem (5) valdes locekļiem, no kuriem ne vairāk kā divi pārstāv Partnerības teritorijas pašvaldības. Padomes priekšsēdētājs ir arī stratēģijas komisijas priekšsēdētājs. Stratēģijas komisija pieņem lēmumus par projektu atbilstību SVVA stratēģijai un sākotnējā lēmuma apstrīdēšanas gadījumā pārskata projekta vērtējumu.
Biedrības izpildinstitūcija ir izpilddirektors, kas vada un pārstāv Biedrību. To ieceļ Padome. Izpilddirektoru uz pilnvaras pamata aizvieto izpilddirektora vietnieks. Izpilddirektors nodrošina kopsapulces, padomes un stratēģijas komisijas lēmumu izpildi, kā arī pārstāv Partnerību visās institūcijās.