Partnerības augstākā lēmējinstitūcija ir Biedru sapulce. Organizācijas veiksmīgai funkcionēšanai ir izveidota pārstāvju lēmējinstitūcija – partnerības padome, ko ievēl kopsapulce.
Padomes izpildinstitūcija ir koordinators, ko ievēl padome. Koordinators organizē partnerības darbu, nodrošina biedru sapulces un padomes lēmumu izpildi, kā arī pārstāv partnerību visās institūcijās. Aizkraukles rajona partnerības padome sastāv no 21 pārstāvja no katras grupas – pašvaldības un valsts institūcijas, NVO, uzņēmējiem.